О проекте:
Система разрабатывалась как аналог существующего решения с реализацией дополнительного функционала, предложенного заказчиком.
Ключевые отличия - предыдущее решение создавалось как научный инструмент и единица хранения там - проект. В нашем портале единицей хранения является образец, что более удобно при коммерческом использовании в клиниках, исследовательских центрах и тп.
Список проектов
101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010
101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010
101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010
Также, в силу экономических ограничений (требования к работе на обычном хостинге) предыдущее решение делалось на PHP+JS, поэтому имеет ряд ограничений и неудобств - например, обработка очереди файлов происходит на клиентской стороне, что приводит к частым ошибкам и зависаниям. Все эти моменты были исправлены, очереди с тяжелыми вычислениями теперь обрабатываются на сервере.
В части отображения таблиц портал полностью повторяет функционал предыдущего решения, то есть, загрузка одного и того же файла должна приводит к одной и той же таблице.
Список клинических образцов с подкрашиванием патогенных мутаций
101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010
101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010
101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010
Обычно последовательность действий пользователя выглядит следующим образом:
- Авторизация.
- Выбор или создание проекта.
- Загрузка файлов FASTQ, BAM или VCF с назначением атрибутов создаваемого образца (ФИО, группа и т.д.).
- Помещение загруженных файлов в очередь заданий на анализ.
- Отправка файлов на анализ последовательными шагами (FASTQ->BAM, BAM->VCF, VCF->аннотация) через API с отображением хода процесса на странице образца.
- Загрузка аннотированных данных во внутреннюю базу данных.
- Поиск соответствий в базах патогенных вариантов, раскраска строк.
- Отображение финальной таблицы с данными.
- Работа пользователя с данными (фильтрация, добавление в таблицу других образцов, сравнение и т.д.).
- Поиск соответствий в базах патогенных вариантов, раскраска строк.
- Работа пользователя с образцами - распределение в одну из групп
(Положительные, VUS, Отрицательные).
Просмотр информации по конкретному варианту
Список патогенных мутаций