Система для анализа генетических вариантов

Заказчик:
Тестген (testgen.ru)

О проекте:

Система разрабатывалась как аналог существующего решения oncotarget.ru с реализацией дополнительного функционала, предложенного заказчиком.

Ключевые отличия - oncotarget создавался как научный инструмент и единица хранения там - проект. В нашем портале единицей хранения является образец, что более удобно при коммерческом использовании в клиниках, исследовательских центрах и тп.

Список проектов

Список проектов

101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010
101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010
101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010

Также, в силу экономических ограничений (требования к работе на обычном хостинге) oncotarget делался на PHP+JS, поэтому имеет ряд ограничений и неудобств - например, обработка очереди файлов происходит на клиентской стороне, что приводит к частым ошибкам и зависаниям. Все эти моменты были исправлены, очереди с тяжелыми вычислениями теперь обрабатываются на сервере.

В части отображения таблиц портал полностью повторяет функционал oncotarget, то есть, загрузка одного и того же файла должна приводит к одной и той же таблице.

Список клинических образцов с подкрашиванием патогенных мутаций

Список клинических образцов с подкрашиванием патогенных мутаций

101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010
101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010
101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010 101010

Обычно последовательность действий пользователя выглядит следующим образом:

  1. Авторизация.
  2. Выбор или создание проекта.
  3. Загрузка файлов FASTQ, BAM или VCF с назначением атрибутов создаваемого образца (ФИО, группа и т.д.).
  4. Помещение загруженных файлов в очередь заданий на анализ.
  5. Отправка файлов на анализ последовательными шагами (FASTQ->BAM, BAM->VCF, VCF->аннотация) через API с отображением хода процесса на странице образца.
  6. Загрузка аннотированных данных во внутреннюю базу данных.
  7. Поиск соответствий в базах патогенных вариантов, раскраска строк.
  8. Отображение финальной таблицы с данными.
  9. Работа пользователя с данными (фильтрация, добавление в таблицу других образцов, сравнение и т.д.).
  10. Поиск соответствий в базах патогенных вариантов, раскраска строк.
  11. Работа пользователя с образцами - распределение в одну из групп (Положительные, VUS, Отрицательные).
Просмотр информации по конкретному варианту

Просмотр информации по конкретному варианту

Список патогенных мутаций

Список патогенных мутаций

БУДЕМ
НА СВЯЗИ

+7 (927) 988-37-48

г. Ульяновск, ул. Красноармейская, дом 5, офис 7

Заказать обратный звонок

Расскажите о вашей задачи и мы предложим несколько вариантов ее решения:

Нажимая на кнопку, вы даёте согласие на обработку персональных данных и соглашаетесь с Политикой конфиденциальности